2017年4月23日，特殊食品注冊管理司已在國家食品藥品監督管理總局（CFDA）上線，共劃分三個部門：綜合處、注冊一處、注冊二處。

特殊食品注冊管理司-七大工作職責：

·                                 研究擬訂保健食品、嬰幼兒配方乳粉產品、特殊醫學用途配方食品等特殊食品（以下簡稱特殊食品）注冊管理制度并組織監督實施；

·                                 研究擬訂特殊食品注冊管理技術規范并組織實施；

·                                 研究擬訂特殊食品注冊審評、注冊檢驗、功能評價、現場核查等工作規范；

·                                 承擔特殊食品注冊行政審批和備案管理工作；

·                                 組織開展與特殊食品注冊行政審批、備案管理相關的檢查、督導工作；

·                                 配合相關司局開展特殊食品管理國際交流、生產經營許可、監督管理、稽查辦案等工作；

·                                 承辦總局交辦的其他事項。

綜合處-六大工作職責：

·                                 承擔司綜合文稿起草、會議組織、公文處理、文書檔案、政務信息、督查督辦、安全保密、資產管理等綜合工作；

·                                 組織特殊食品注冊管理信息化相關工作；

·                                 組織特殊食品注冊相關技術支撐體系建設；

·                                 組織對特殊食品注冊備案相關工作的檢查考核工作；

·                                 組織研究分析特殊食品注冊管理形勢、存在問題并提出措施建議；

·                                 承擔特殊食品管理工作的國際、國內交流與合作等工作。

注冊一處-五大工作職責：

·                                 組織擬訂保健食品注冊行政審批和備案管理制度；

·                                 組織擬訂保健食品注冊、備案技術規范和工作規范；

·                                 組織擬訂保健食品原料目錄和保健功能目錄管理制度；

·                                 承擔保健食品注冊行政審批、備案管理及指導工作；

·                                 組織開展與保健食品注冊行政審批、備案管理相關的檢查、督導工作。

注冊二處-四大工作職責：

·                                 組織擬訂嬰幼兒配方乳粉產品、特殊醫學用途配方食品注冊管理制度；

·                                 組織擬訂嬰幼兒配方乳粉產品、特殊醫學用途配方食品注冊技術規范和工作規范；

·                                 承擔嬰幼兒配方乳粉產品、特殊醫學用途配方食品注冊行政管理及指導工作；

·                                 組織開展與嬰幼兒配方乳粉產品、特殊醫學用途配方食品注冊行政審批相關的檢查、督導工作。